In het Waddengebied zijn er nauwelijks nog plekken over waar zoet water zich kan mengen met zout zeewater. In het huidige Lauwersmeer zijn de oorspronkelijke geulen en platen nog goed zichtbaar. Daarmee heeft een hersteloperatie goede kans van slagen.
Met de aanleg van de Vismigratierivier wordt een belangrijke schakel in de trekvisroutes hersteld. Allerlei soorten trekvissen kunnen straks weer vrij heen en weer zwemmen tussen Waddenzee en IJsselmeer. De Vismigratierivier draagt zo bij aan een betere visstand.
Nederland heeft voor de Eems als doel gesteld dat de kwaliteit van de natuur moet verbeteren. Jarenlang verdiepen, versmallen en rechttrekken heeft geleid tot een troebele rivier waarin op sommige stukken nog maar nauwelijks leven mogelijk is. Hierdoor kan de Eems als enige zogenaamde estuarium in Nederland haar unieke positie niet waarmaken. De Waddenvereniging zet zich in voor een gezonde Eems. Juist omdát er nog maar weinig plekken zijn met dit soort natuur.